Color Trajectory Frequency
      0 < Freq. ≤ 10
      10 < Freq. ≤ 20
      20 < Freq. ≤ 30
      30 < Freq. ≤ 40
      40 < Freq. ≤ 50
      50 < Freq. ≤ 60
      60 < Freq. ≤ 70
      70 < Freq. ≤ 80
      80 < Freq. ≤ 90
      90 < Freq. ≤ 100
Index Hub Freq Num Of Links Community Value
1A:A:7 69500
2A:A:13 57.67400
3A:A:25 69.205100
4A:A:30 59.175400
5A:A:31 61.375300
6A:A:33 71.775100
7A:A:36 84.825600
8A:A:42 73.375400
9A:A:47 50.64300
10A:A:51 53.265300
11A:A:56 60.85310
12A:A:57 80.475610
13A:A:61 87.09400
14A:A:71 56.5510
15A:A:91 97.775410
16A:A:9 35.335400
17A:A:22 24.68400
18A:A:53 27.85400
19A:A:76 37.545400
20A:A:79 33.78400
21A:A:81 38.47400
22A:A:86 47.95400
23A:A:89 18.265400

Index: hub id, click on each number to highlight the corresponding hub in the 3D visualization.

Hub: the hub being considered.

Freq: the trajectory frequency of the corresponding hub.

Num Of Links: the number of links of the corresponding hub.

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value: this column reports the value present in the user submitted external values file (if any).

Color Relative Recurrence (%)
      0 < rr ≤ 10
      10 < rr ≤ 20
      20 < rr ≤ 30
      30 < rr ≤ 40
      40 < rr ≤ 50
      50 < rr ≤ 60
      60 < rr ≤ 70
      70 < rr ≤ 80
      80 < rr ≤ 90
      90 < rr ≤ 100
Index Node1 Node2 Recurrency Freq Hub1? Hub2? Community Value1 Value2
1A:A:2 A:A:5 12.5029100NoNo000
2A:A:5 A:A:6 15.8486100NoNo000
3A:A:6 A:A:7 19.1711100NoYes000
4A:A:7 A:A:8 27.2054100YesNo000
5A:A:51 A:A:7 34.4756100YesYes000
6A:A:7 A:A:89 27.1591100YesYes000
7A:A:7 A:A:91 48.3329100YesYes000
8A:A:8 A:A:86 14.2741100NoYes100
9A:A:88 A:A:89 21.9379100NoYes000
10A:A:85 A:A:86 15.9759100NoYes000
11A:A:89 A:A:90 51.4818100YesNo000
12A:A:57 A:A:90 75.7467100YesNo000
13A:A:36 A:A:57 100100YesYes000
14A:A:23 A:A:36 89.3957100NoYes000
15A:A:22 A:A:23 86.1889100YesNo000
16A:A:22 A:A:71 78.1084100YesYes000
17A:A:71 A:A:75 67.8282100YesNo000
18A:A:75 A:A:76 65.1656100NoYes000
19A:A:76 A:A:79 30.8636100YesYes200
20A:A:79 A:A:81 27.1359100YesYes200
21A:A:13 A:A:81 47.0595100YesYes000
22A:A:90 A:A:91 25.5846100NoYes000
23A:A:56 A:A:91 26.0014100YesYes000
24A:A:56 A:A:57 40.2408100YesYes000
25A:A:76 A:A:80 28.7451100YesNo200
26A:A:80 A:A:81 27.4716100NoYes200
27A:A:13 A:A:14 20.0625100YesNo000
28A:A:13 A:A:16 20.0625100YesNo000
29A:A:14 A:A:17 11.5652100NoNo000
30A:A:16 A:A:17 12.9197100NoNo000
31A:A:17 A:A:18 17.2378100NoNo000
32A:A:32 A:A:57 13.2901100NoYes000
33A:A:31 A:A:32 12.4219100YesNo000
34A:A:30 A:A:31 24.2996100YesYes000
35A:A:28 A:A:30 12.2135100NoYes300
36A:A:31 A:A:36 16.4737100YesYes000
37A:A:49 A:A:51 51.8639100NoYes000
38A:A:48 A:A:49 43.3781100NoNo000
39A:A:47 A:A:48 38.2843100YesNo000
40A:A:42 A:A:47 22.8525100YesYes000
41A:A:41 A:A:42 10.5233100NoYes000
42A:A:51 A:A:52 23.5355100YesNo000
43A:A:52 A:A:89 14.5983100NoYes000
44A:A:52 A:A:53 14.552100NoYes000
45A:A:53 A:A:56 15.7907100YesYes000
46A:A:60 A:A:88 12.83860.3NoNo000
47A:A:60 A:A:61 11.8430.13NoYes000
48A:A:46 A:A:47 10.52330NoYes000

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Force: the interaction strength between the two nodes.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Color Relative Recurrence (%)
      0 < rr ≤ 10
      10 < rr ≤ 20
      20 < rr ≤ 30
      30 < rr ≤ 40
      40 < rr ≤ 50
      50 < rr ≤ 60
      60 < rr ≤ 70
      70 < rr ≤ 80
      80 < rr ≤ 90
      9 < rr ≤ 10

Here, those paths that begin and end at given residue pair(s) or that pass through a residue are used to generate a novel metapath. Such a path filtering is particularly recommended if some information on allosteric residues is available. The selection syntax for a residue pair ("Pairs") is C:C:c534,A:A:?600 (the lower-case "c" stands for cytosine and "?" indicates any non standard amino acid or nucleotide residue). Selection of more than one apical residue pair has the following syntax: C:C:c534,A:A:?600,C:C:c534,A:A:E41. Only one residue can be selected as a tail ("Tail"). For midway residue(s), each residue must be separated by a comma as well e.g. A:A:?600,A:A:E41.

Midway



Index Node1 Node2 Recurrency Freq Hub1? Hub2? Community Value1 Value2

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Download PSN data

2D representation of the global metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

2D representation of the user filetered metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

:
Net Summary
Imin 4.09
Number of Linked Nodes 100
Number of Links 116
Number of Hubs 23
Number of Links mediated by Hubs 72
Number of Communities 4
Number of Nodes involved in Communities 14
Number of Links involved in Communities 16
Path Summary
Number Of Nodes in MetaPath 49
Number Of Links MetaPath 48
Number of Shortest Paths 13435
Length Of Smallest Path 3
Average Path Length 12.5705
Length of Longest Path 24
Minimum Path Force 2.405
Average Path Force 5.97105
Maximum Path Force 10.185
Minimum Path Correlation 0.722
Average Path Correlation 0.881385
Maximum Path Correlation 0.93
Minimum % Of Corr. Nodes 4.7619
Average % Of Corr. Nodes 22.0108
Maximum % Of Corr. Nodes 100
Minimum Path Hubs % 0
Average Path Hubs % 53.9842
Maximum Path Hubs % 100
Filtered Path Summary
Number Of Nodes in MetaPath available after path filtering
Number Of Links MetaPath available after path filtering
Number of Shortest Paths available after path filtering
Length Of Smallest Path available after path filtering
Average Path Length available after path filtering
Length of Longest Path available after path filtering
Minimum Path Force available after path filtering
Average Path Force available after path filtering
Maximum Path Force available after path filtering
Minimum Path Correlation available after path filtering
Average Path Correlation available after path filtering
Maximum Path Correlation available after path filtering
Minimum % Of Corr. Nodes available after path filtering
Average % Of Corr. Nodes available after path filtering
Maximum % Of Corr. Nodes available after path filtering
Minimum Path Hubs % available after path filtering
Average Path Hubs % available after path filtering
Maximum Path Hubs % available after path filtering

Details about the values in these tables can be found in the corresponding documentation page .

The single jobs that make up the consensus run.

3lny

3lnx

Sequence Alignment

Labels Table
NLabPresentIn3lny.pdb3lnx.pdb
1A:A:1100.00A:A:P1A:A:P1
2A:A:2100.00A:A:K2A:A:K2
3A:A:3100.00A:A:P3A:A:P3
4A:A:4100.00A:A:G4A:A:G4
5A:A:5100.00A:A:D5A:A:D5
6A:A:6100.00A:A:I6A:A:I6
7A:A:7100.00A:A:F7A:A:F7
8A:A:8100.00A:A:E8A:A:E8
9A:A:9100.00A:A:V9A:A:V9
10A:A:10100.00A:A:E10A:A:E10
11A:A:11100.00A:A:L11A:A:L11
12A:A:12100.00A:A:A12A:A:A12
13A:A:13100.00A:A:K13A:A:K13
14A:A:14100.00A:A:N14A:A:N14
15A:A:15100.00A:A:D15A:A:D15
16A:A:16100.00A:A:N16A:A:N16
17A:A:17100.00A:A:S17A:A:S17
18A:A:18100.00A:A:L18A:A:L18
19A:A:19100.00A:A:G19A:A:G19
20A:A:20100.00A:A:I20A:A:I20
21A:A:21100.00A:A:S21A:A:S21
22A:A:22100.00A:A:V22A:A:V22
23A:A:23100.00A:A:T23A:A:T23
24A:A:24100.00A:A:G24A:A:G24
25A:A:25100.00A:A:G25A:A:G25
26A:A:26100.00A:A:V26A:A:V26
27A:A:27100.00A:A:N27A:A:N27
28A:A:28100.00A:A:T28A:A:T28
29A:A:29100.00A:A:S29A:A:S29
30A:A:30100.00A:A:V30A:A:V30
31A:A:31100.00A:A:R31A:A:R31
32A:A:32100.00A:A:H32A:A:H32
33A:A:33100.00A:A:G33A:A:G33
34A:A:34100.00A:A:G34A:A:G34
35A:A:35100.00A:A:I35A:A:I35
36A:A:36100.00A:A:Y36A:A:Y36
37A:A:37100.00A:A:V37A:A:V37
38A:A:38100.00A:A:K38A:A:K38
39A:A:39100.00A:A:A39A:A:A39
40A:A:40100.00A:A:V40A:A:V40
41A:A:41100.00A:A:I41A:A:I41
42A:A:42100.00A:A:P42A:A:P42
43A:A:43100.00A:A:Q43A:A:Q43
44A:A:44100.00A:A:G44A:A:G44
45A:A:45100.00A:A:A45A:A:A45
46A:A:46100.00A:A:A46A:A:A46
47A:A:47100.00A:A:E47A:A:E47
48A:A:48100.00A:A:S48A:A:S48
49A:A:49100.00A:A:D49A:A:D49
50A:A:50100.00A:A:G50A:A:G50
51A:A:51100.00A:A:R51A:A:R51
52A:A:52100.00A:A:I52A:A:I52
53A:A:53100.00A:A:H53A:A:H53
54A:A:54100.00A:A:K54A:A:K54
55A:A:55100.00A:A:G55A:A:G55
56A:A:56100.00A:A:D56A:A:D56
57A:A:57100.00A:A:R57A:A:R57
58A:A:58100.00A:A:V58A:A:V58
59A:A:59100.00A:A:L59A:A:L59
60A:A:60100.00A:A:A60A:A:A60
61A:A:61100.00A:A:V61A:A:V61
62A:A:62100.00A:A:N62A:A:N62
63A:A:63100.00A:A:G63A:A:G63
64A:A:64100.00A:A:V64A:A:V64
65A:A:65100.00A:A:S65A:A:S65
66A:A:66100.00A:A:L66A:A:L66
67A:A:67100.00A:A:E67A:A:E67
68A:A:68100.00A:A:G68A:A:G68
69A:A:69100.00A:A:A69A:A:A69
70A:A:70100.00A:A:T70A:A:T70
71A:A:71100.00A:A:H71A:A:H71
72A:A:72100.00A:A:K72A:A:K72
73A:A:73100.00A:A:Q73A:A:Q73
74A:A:74100.00A:A:A74A:A:A74
75A:A:75100.00A:A:V75A:A:V75
76A:A:76100.00A:A:E76A:A:E76
77A:A:77100.00A:A:T77A:A:T77
78A:A:78100.00A:A:L78A:A:L78
79A:A:79100.00A:A:R79A:A:R79
80A:A:80100.00A:A:N80A:A:N80
81A:A:81100.00A:A:T81A:A:T81
82A:A:82100.00A:A:G82A:A:G82
83A:A:83100.00A:A:Q83A:A:Q83
84A:A:84100.00A:A:V84A:A:V84
85A:A:85100.00A:A:V85A:A:V85
86A:A:86100.00A:A:H86A:A:H86
87A:A:87100.00A:A:L87A:A:L87
88A:A:88100.00A:A:L88A:A:L88
89A:A:89100.00A:A:L89A:A:L89
90A:A:90100.00A:A:E90A:A:E90
91A:A:91100.00A:A:K91A:A:K91
92A:A:92100.00A:A:G92A:A:G92
93A:A:93100.00A:A:Q93A:A:Q93
94A:A:94100.00A:A:S94A:A:S94
95B:B:350.00B:B:E3-
96B:B:450.00B:B:Q4-
97B:B:550.00B:B:V5-
98B:B:650.00B:B:S6-
99B:B:750.00B:B:A7-
100B:B:850.00B:B:V8-

Trj Stats Plots:

Stat 1 Stat 2 Documentation

You can download a compressed (zip) file with all submitted structures, 3D outputs (as PyMol and VMD scripts) and numerical data files (as csv and plain text files). The zip bundle also contains an output manual explaining the meaning of all files and numerical data.

Download webpsn_output_jobtut2cn.zip