Orange: nodes, hubs and links specific of 3lnx network

Green: nodes, hubs and links shared by both networks

Purple: nodes, hubs and links specific of 3lny network

       75 > Pert% ≤ 100
       50 > Pert% ≤ 75
       25 > Pert% ≤ 50
       0 > Pert% ≤ 25
      Pert% = 0
        -25 ≥ Pert% < 0
        -50 ≥ Pert% < -25
        -75 ≥ Pert% < -50
        -100 ≥ Pert% < -75
 

Index Hub Owner 3lnx Freq 3lny Freq 3lnx Num Of Links 3lny Num Of Links Value
1A:A:9 3lnx30.3940.28330
2A:A:13 3lnx67.6147.73540
3A:A:53 3lnx505.7420
4A:A:61 3lnx97.3676.82430
5A:A:76 3lnx38.936.19430
6A:A:7 Shared74.5563.45540
7A:A:36 Shared83.1286.53540
8A:A:42 Shared82.6764.08440
9A:A:86 Shared49.846.1440
10A:A:91 Shared96.4499.11550
11A:A:57 3lny8476.95450
12A:A:71 3lny21.4691.54350

Index: hub id, click on each number to highlight the corresponding hub in the 3D visualization.

Hub: the hub being considered.

Owner: the name of the network the hub belong to or "Shared" if the corresponding hub is present in both networks.

Freq: the trajectory frequency of the corresponding hub in the corresponding network.

Num Of Links: the number of links of the corresponding hub in the corresponding network.

Value: this column reports the value present in the user submitted external values file (if any).

Index Hub 3lnx Freq 3lny Freq Freq Pert Value
1A:A:7 74.5563.4514.88930
2A:A:9 30.3940.28-24.55310
3A:A:13 67.6147.7329.40390
4A:A:36 83.1286.53-3.940830
5A:A:42 82.6764.0822.4870
6A:A:53 505.788.60
7A:A:61 97.3676.8221.0970
8A:A:76 38.936.196.966590
9A:A:86 49.846.17.429720
10A:A:91 96.4499.11-2.693970
11A:A:57 8476.958.392850
12A:A:71 21.4691.54-76.55670

Index: hub id, click on each number to highlight the corresponding hub in the 3D visualization.

Hub: the hub being considered.

Net1 & Net2 Freq: the trajectory frequency of this link or 0 if the link is not present.

Freq Pert:trajectory frequency perturbation.

Value: this column reports the value present in the user submitted external values file (if any).

Index Node1 Node2 Owner 3lnx Recurrency 3lny Recurrency 3lnx Hub1? 3lny Hub1? 3lnx Hub2? 3lny Hub2? Value1 Value2
1A:A:8 A:A:9 3lnx22.7366.82426NoNoYesNo00
2A:A:10 A:A:9 3lnx21.33910NoNoYesNo00
3A:A:85 A:A:86 3lnx63.824719.8037NoNoYesYes00
4A:A:84 A:A:85 3lnx60.54918.7868NoNoNoNo00
5A:A:83 A:A:84 3lnx57.17734.4157NoNoNoNo00
6A:A:13 A:A:83 3lnx53.61270YesNoNoNo00
7A:A:90 A:A:91 3lnx1004.4603NoNoYesYes00
8A:A:57 A:A:90 3lnx97.10980NoYesNoNo00
9A:A:57 A:A:58 3lnx92.870910.1249NoYesNoNo00
10A:A:35 A:A:58 3lnx91.04054.99554NoNoNoNo00
11A:A:35 A:A:36 3lnx87.76497.85013NoNoYesYes00
12A:A:29 A:A:30 3lnx20.18317.6182NoNoNoNo00
13A:A:7 A:A:89 3lnx74.4229.45584YesYesNoNo00
14A:A:52 A:A:89 3lnx50.48171.78412NoNoNoNo00
15A:A:51 A:A:52 3lnx59.44124.72792NoNoNoNo00
16A:A:42 A:A:47 3lnx24.229317.2168YesYesNoNo00
17A:A:53 A:A:56 3lnx32.851611.686YesNoNoNo00
18A:A:52 A:A:53 3lnx31.16570NoNoYesNo00
19A:A:88 A:A:89 3lnx37.95767.4041NoNoNoNo00
20A:A:60 A:A:88 3lnx34.05592.9884NoNoNoNo00
21A:A:60 A:A:61 3lnx31.64740NoNoYesNo00
22A:A:61 A:A:64 3lnx20.809211.6414YesNoNoNo00
23A:A:22 A:A:71 3lnx23.26590NoNoNoYes00
24A:A:13 A:A:81 3lnx36.416218.7333YesNoNoNo00
25A:A:7 A:A:91 Shared88.294864.7636YesYesYesYes00
26A:A:7 A:A:8 Shared88.680236.6191YesYesNoNo00
27A:A:8 A:A:86 Shared63.391126.0036NoNoYesYes00
28A:A:23 A:A:36 Shared46.86993.8894NoNoYesYes00
29A:A:22 A:A:23 Shared39.932690.1427NoNoNoNo00
30A:A:31 A:A:36 Shared35.452830.8653NoNoYesYes00
31A:A:30 A:A:31 Shared27.986524.3979NoNoNoNo00
32A:A:49 A:A:51 Shared53.998138.9384NoNoNoNo00
33A:A:48 A:A:49 Shared45.18333.0062NoNoNoNo00
34A:A:47 A:A:48 Shared35.886329.215NoNoNoNo00
35A:A:56 A:A:91 Shared34.922994.2016NoNoYesYes00
36A:A:80 A:A:81 Shared29.913326.8956NoNoNoNo00
37A:A:5 A:A:6 3lny8.1888223.9072NoNoNoNo00
38A:A:6 A:A:7 3lny12.572327.7877NoNoYesYes00
39A:A:56 A:A:57 3lny098.7065NoNoNoYes00
40A:A:36 A:A:57 3lny0100YesYesNoYes00
41A:A:22 B:B:6 3lny075.5129NoNoNoNo00
42B:B:5 B:B:6 3lny071.6771NoNoNoNo00
43A:A:71 B:B:5 3lny062.8011NoYesNoNo00
44A:A:71 A:A:75 3lny049.6878NoYesNoNo00
45A:A:75 A:A:76 3lny9.5857444.2462NoNoYesNo00
46A:A:76 A:A:80 3lny16.522232.7386YesNoNoNo00
47A:A:21 A:A:22 3lny13.535625.6467NoNoNoNo00
48A:A:51 A:A:91 3lny042.5513NoNoYesYes00
49A:A:57 A:A:67 3lny030.5085NoYesNoNo00
50A:A:66 A:A:67 3lny9.2003924.1302NoNoNoNo00
51A:A:65 A:A:66 3lny13.680220.0714NoNoNoNo00

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Owner: the name of the network the link belong to or "Shared" if the corresponding link is present in both networks.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Here, those paths that begin and end at given residue pair(s) or that pass through a residue are used to generate a novel metapath. Such a path filtering is particularly recommended if some information on allosteric residues is available. The selection syntax for a residue pair ("Pairs") is C:C:c534,A:A:?600 (the lower-case "c" stands for cytosine and "?" indicates any non standard amino acid or nucleotide residue). Selection of more than one apical residue pair has the following syntax: C:C:c534,A:A:?600,C:C:c534,A:A:E41. Only one residue can be selected as a tail ("Tail"). For midway residue(s), each residue must be separated by a comma as well e.g. A:A:?600,A:A:E41.

Midway



Index Node1 Node2 Owner 3lnx Recurrency 3lny Recurrency 3lnx Hub1? 3lny Hub1? 3lnx Hub2? 3lny Hub2? Value1 Value2

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Owner: the name of the network the link belong to or "Shared" if the corresponding link is present in both networks.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Download PSN data

2D representation of the global metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

2D representation of the user filetered metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

Nets Differences
Value 3lnx 3lny
Imin 4.56612 4.62969
Number of Linked Nodes 94 100
Number of Specific Nodes 0 (0.00%) 6  (6.00%)
Number of Shared Nodes 94 (100.00%) 94  (94.00%)
Number of Links 100 105
Number of Specific Links 15 (15.00%) 20  (19.05%)
Number of Shared Links 85 (85.00%) 85  (80.95%)
Number of Hubs 10 7
Number of Specific Hubs 5 (50.00%) 2  (28.57%)
Number of Shared Hubs 5 (50.00%) 5  (71.43%)
Average % Shared Neighbours (Jaccard) 75.13
Average % Shared Neighbours (Otsuka) 81.30
Average % Shared Neighbours (Overlap Coefficient) 88.43
Average % Shared Cliques (k3-6) 85.00
Graphlets Similarity 50.67
Paths Differences
Value 3lnx 3lny
Number Of Nodes in MetaPath 36 28
Specific Nodes in MetaPath 18 (50.00%) 10  (35.71%)
Shared Nodes in MetaPath 94 (100.00%) 94  (100.00%)
Number Of Links MetaPath 36 27
Specific Links in MetaPath 24 (66.67%) 15  (55.56%)
Shared Links in MetaPath 85 (85.00%) 85  (85.00%)
Number of Shortest Paths 4490 4475
Length Of Smallest Path 3 3
Average Path Length 11.4973 10.4139
Length of Longest Path 24 25
Minimum Path Force 3.115 2.405
Average Path Force 6.54774 6.18403
Maximum Path Force 10.685 10.43
Minimum Path Correlation 0.805 0.814
Average Path Correlation 0.889069 0.887164
Maximum Path Correlation 0.943 0.932
Minimum % Of Corr. Nodes 5 4.54545
Average % Of Corr. Nodes 23.5995 26.0558
Maximum % Of Corr. Nodes 100 100
Minimum Path Hubs % 0 0
Average Path Hubs % 25.2387 25.5035
Maximum Path Hubs % 75 75
Filtered Paths Differences
Value 3lnx 3lny
Number Of Nodes in MetaPath available after path filtering available after path filtering
Specific Nodes in MetaPath available after path filtering (%) available after path filtering (%)
Shared Nodes in MetaPath available after path filtering (%) available after path filtering (%)
Number Of Links MetaPath available after path filtering available after path filtering
Specific Links in MetaPath available after path filtering (%) available after path filtering (%)
Shared Links in MetaPath available after path filtering (%) available after path filtering (%)
Number of Shortest Paths available after path filtering available after path filtering
Length Of Smallest Path available after path filtering available after path filtering
Average Path Length available after path filtering available after path filtering
Length of Longest Path available after path filtering available after path filtering
Minimum Path Force available after path filtering available after path filtering
Average Path Force available after path filtering available after path filtering
Maximum Path Force available after path filtering available after path filtering
Minimum Path Correlation available after path filtering available after path filtering
Average Path Correlation available after path filtering available after path filtering
Maximum Path Correlation available after path filtering available after path filtering
Minimum % Of Corr. Nodes available after path filtering available after path filtering
Average % Of Corr. Nodes available after path filtering available after path filtering
Maximum % Of Corr. Nodes available after path filtering available after path filtering
Minimum Path Hubs % available after path filtering available after path filtering
Average Path Hubs % available after path filtering available after path filtering
Maximum Path Hubs % available after path filtering available after path filtering

Details about the values in these tables can be found in the corresponding documentation page .

The two jobs that make up this difference run.

3lnx

3lny

Sequence Alignment
;
; msa not aveilable if you choose not to apply labels
;
Labels Table
NLabPresentIn3lnx3lny
1A:A:1100.00A:A:P1A:A:P1
2A:A:2100.00A:A:K2A:A:K2
3A:A:3100.00A:A:P3A:A:P3
4A:A:4100.00A:A:G4A:A:G4
5A:A:5100.00A:A:D5A:A:D5
6A:A:6100.00A:A:I6A:A:I6
7A:A:7100.00A:A:F7A:A:F7
8A:A:8100.00A:A:E8A:A:E8
9A:A:9100.00A:A:V9A:A:V9
10A:A:10100.00A:A:E10A:A:E10
11A:A:11100.00A:A:L11A:A:L11
12A:A:12100.00A:A:A12A:A:A12
13A:A:13100.00A:A:K13A:A:K13
14A:A:14100.00A:A:N14A:A:N14
15A:A:15100.00A:A:D15A:A:D15
16A:A:16100.00A:A:N16A:A:N16
17A:A:17100.00A:A:S17A:A:S17
18A:A:18100.00A:A:L18A:A:L18
19A:A:19100.00A:A:G19A:A:G19
20A:A:20100.00A:A:I20A:A:I20
21A:A:21100.00A:A:S21A:A:S21
22A:A:22100.00A:A:V22A:A:V22
23A:A:23100.00A:A:T23A:A:T23
24A:A:24100.00A:A:G24A:A:G24
25A:A:25100.00A:A:G25A:A:G25
26A:A:26100.00A:A:V26A:A:V26
27A:A:27100.00A:A:N27A:A:N27
28A:A:28100.00A:A:T28A:A:T28
29A:A:29100.00A:A:S29A:A:S29
30A:A:30100.00A:A:V30A:A:V30
31A:A:31100.00A:A:R31A:A:R31
32A:A:32100.00A:A:H32A:A:H32
33A:A:33100.00A:A:G33A:A:G33
34A:A:34100.00A:A:G34A:A:G34
35A:A:35100.00A:A:I35A:A:I35
36A:A:36100.00A:A:Y36A:A:Y36
37A:A:37100.00A:A:V37A:A:V37
38A:A:38100.00A:A:K38A:A:K38
39A:A:39100.00A:A:A39A:A:A39
40A:A:40100.00A:A:V40A:A:V40
41A:A:41100.00A:A:I41A:A:I41
42A:A:42100.00A:A:P42A:A:P42
43A:A:43100.00A:A:Q43A:A:Q43
44A:A:44100.00A:A:G44A:A:G44
45A:A:45100.00A:A:A45A:A:A45
46A:A:46100.00A:A:A46A:A:A46
47A:A:47100.00A:A:E47A:A:E47
48A:A:48100.00A:A:S48A:A:S48
49A:A:49100.00A:A:D49A:A:D49
50A:A:50100.00A:A:G50A:A:G50
51A:A:51100.00A:A:R51A:A:R51
52A:A:52100.00A:A:I52A:A:I52
53A:A:53100.00A:A:H53A:A:H53
54A:A:54100.00A:A:K54A:A:K54
55A:A:55100.00A:A:G55A:A:G55
56A:A:56100.00A:A:D56A:A:D56
57A:A:57100.00A:A:R57A:A:R57
58A:A:58100.00A:A:V58A:A:V58
59A:A:59100.00A:A:L59A:A:L59
60A:A:60100.00A:A:A60A:A:A60
61A:A:61100.00A:A:V61A:A:V61
62A:A:62100.00A:A:N62A:A:N62
63A:A:63100.00A:A:G63A:A:G63
64A:A:64100.00A:A:V64A:A:V64
65A:A:65100.00A:A:S65A:A:S65
66A:A:66100.00A:A:L66A:A:L66
67A:A:67100.00A:A:E67A:A:E67
68A:A:68100.00A:A:G68A:A:G68
69A:A:69100.00A:A:A69A:A:A69
70A:A:70100.00A:A:T70A:A:T70
71A:A:71100.00A:A:H71A:A:H71
72A:A:72100.00A:A:K72A:A:K72
73A:A:73100.00A:A:Q73A:A:Q73
74A:A:74100.00A:A:A74A:A:A74
75A:A:75100.00A:A:V75A:A:V75
76A:A:76100.00A:A:E76A:A:E76
77A:A:77100.00A:A:T77A:A:T77
78A:A:78100.00A:A:L78A:A:L78
79A:A:79100.00A:A:R79A:A:R79
80A:A:80100.00A:A:N80A:A:N80
81A:A:81100.00A:A:T81A:A:T81
82A:A:82100.00A:A:G82A:A:G82
83A:A:83100.00A:A:Q83A:A:Q83
84A:A:84100.00A:A:V84A:A:V84
85A:A:85100.00A:A:V85A:A:V85
86A:A:86100.00A:A:H86A:A:H86
87A:A:87100.00A:A:L87A:A:L87
88A:A:88100.00A:A:L88A:A:L88
89A:A:89100.00A:A:L89A:A:L89
90A:A:90100.00A:A:E90A:A:E90
91A:A:91100.00A:A:K91A:A:K91
92A:A:92100.00A:A:G92A:A:G92
93A:A:93100.00A:A:Q93A:A:Q93
94A:A:94100.00A:A:S94A:A:S94
95B:B:350.00-B:B:E3
96B:B:450.00-B:B:Q4
97B:B:550.00-B:B:V5
98B:B:650.00-B:B:S6
99B:B:750.00-B:B:A7
100B:B:850.00-B:B:V8

Trj Stats Plots:

Stat 1 Stat 2 Documentation

You can download a compressed (zip) file with all submitted structures, 3D outputs (as PyMol and VMD scripts) and numerical data files (as csv and plain text files). The zip bundle also contains an output manual explaining the meaning of all files and numerical data.

Download webpsn_output_job09jq40o_.zip