Orange: nodes, hubs and links specific of 3lnx network

Green: nodes, hubs and links shared by both networks

Purple: nodes, hubs and links specific of 3lny network

       75 > Pert% ≤ 100
       50 > Pert% ≤ 75
       25 > Pert% ≤ 50
       0 > Pert% ≤ 25
      Pert% = 0
        -25 ≥ Pert% < 0
        -50 ≥ Pert% < -25
        -75 ≥ Pert% < -50
        -100 ≥ Pert% < -75
 

Index Hub Owner 3lnx Freq 3lny Freq 3lnx Num Of Links 3lny Num Of Links Value
1A:A:13 3lnx67.6147.73540
2A:A:30 3lnx69.2749.08330
3A:A:53 3lnx505.7430
4A:A:9 3lnx30.3940.28330
5A:A:7 Shared74.5563.45540
6A:A:25 Shared56.4281.99360
7A:A:31 Shared50.5372.22450
8A:A:33 Shared60.9282.63440
9A:A:36 Shared83.1286.53550
10A:A:42 Shared82.6764.08440
11A:A:47 Shared52.8748.41450
12A:A:56 Shared70.5351.17440
13A:A:57 Shared8476.95550
14A:A:61 Shared97.3676.82440
15A:A:91 Shared96.4499.11550
16A:A:11 Shared32.6816.34440
17A:A:34 Shared28.0127.61550
18A:A:35 Shared38.6910.47540
19A:A:39 Shared6.744.45440
20A:A:41 Shared21.8342.76440
21A:A:46 Shared31.7237.51440
22A:A:49 Shared33.131.65440
23A:A:60 Shared7.475.92450
24A:A:69 Shared16.915.59440
25A:A:76 Shared38.936.19440
26A:A:86 Shared49.846.1450
27A:A:28 3lny43.0851.09230
28A:A:51 3lny39.1767.36330
29A:A:71 3lny21.4691.54350
30A:A:19 3lny1.1827.98240
31A:A:44 3lny16.6446.4340
32A:A:45 3lny3.731.84340
33A:A:55 3lny10.1710.95340
34A:A:74 3lny11.989.63350
35B:B:8 3lny040.15030

Index: hub id, click on each number to highlight the corresponding hub in the 3D visualization.

Hub: the hub being considered.

Owner: the name of the network the hub belong to or "Shared" if the corresponding hub is present in both networks.

Freq: the trajectory frequency of the corresponding hub in the corresponding network.

Num Of Links: the number of links of the corresponding hub in the corresponding network.

Value: this column reports the value present in the user submitted external values file (if any).

Index Hub 3lnx Freq 3lny Freq Freq Pert Value
1A:A:7 74.5563.4514.88930
2A:A:13 67.6147.7329.40390
3A:A:25 56.4281.99-31.18670
4A:A:30 69.2749.0829.14680
5A:A:31 50.5372.22-30.03320
6A:A:33 60.9282.63-26.27380
7A:A:36 83.1286.53-3.940830
8A:A:42 82.6764.0822.4870
9A:A:47 52.8748.418.435780
10A:A:53 505.788.60
11A:A:56 70.5351.1727.44930
12A:A:57 8476.958.392850
13A:A:61 97.3676.8221.0970
14A:A:91 96.4499.11-2.693970
15A:A:9 30.3940.28-24.55310
16A:A:11 32.6816.34500
17A:A:34 28.0127.611.428050
18A:A:35 38.6910.4772.93870
19A:A:39 6.744.4533.97630
20A:A:41 21.8342.76-48.94760
21A:A:46 31.7237.51-15.43590
22A:A:49 33.131.654.380660
23A:A:60 7.475.9220.74970
24A:A:69 16.915.5966.94260
25A:A:76 38.936.196.966590
26A:A:86 49.846.17.429720
27A:A:28 43.0851.09-15.67820
28A:A:51 39.1767.36-41.84980
29A:A:71 21.4691.54-76.55670
30A:A:19 1.1827.98-95.78270
31A:A:44 16.6446.4-64.13790
32A:A:45 3.731.8450.67020
33A:A:55 10.1710.95-7.123290
34A:A:74 11.989.6319.6160
35B:B:8 040.15-1000

Index: hub id, click on each number to highlight the corresponding hub in the 3D visualization.

Hub: the hub being considered.

Net1 & Net2 Freq: the trajectory frequency of this link or 0 if the link is not present.

Freq Pert:trajectory frequency perturbation.

Value: this column reports the value present in the user submitted external values file (if any).

Index Node1 Node2 Owner 3lnx Recurrency 3lny Recurrency 3lnx Hub1? 3lny Hub1? 3lnx Hub2? 3lny Hub2? Value1 Value2
1A:A:3 A:A:91 3lnx46.19570NoNoYesYes00
2A:A:8 A:A:9 3lnx31.88413.99408NoNoYesNo00
3A:A:86 A:A:87 3lnx36.68484.5858YesYesNoNo00
4A:A:10 A:A:9 3lnx83.42390NoNoYesNo00
5A:A:10 A:A:11 3lnx81.793510.7249NoNoYesYes00
6A:A:13 A:A:14 3lnx49.36590YesNoNoNo00
7A:A:83 A:A:84 3lnx47.644910.2811NoNoNoNo00
8A:A:13 A:A:83 3lnx44.74640YesNoNoNo00
9A:A:14 A:A:15 3lnx33.06169.91124NoNoNoNo00
10A:A:11 A:A:18 3lnx42.39130YesYesNoNo00
11A:A:90 A:A:91 3lnx53.260914.571NoNoYesYes00
12A:A:57 A:A:90 3lnx49.90940YesYesNoNo00
13A:A:34 A:A:36 3lnx34.873213.4615YesYesYesYes00
14A:A:26 A:A:69 3lnx31.15945.91716NoNoYesYes00
15A:A:26 A:A:27 3lnx22.55430.813609NoNoNoNo00
16A:A:33 A:A:34 3lnx22.735514.7929YesYesYesYes00
17A:A:29 A:A:30 3lnx20.199313.8314NoNoYesNo00
18A:A:7 A:A:89 3lnx30.25369.98521YesYesNoNo00
19A:A:52 A:A:89 3lnx41.93849.02367NoNoNoNo00
20A:A:47 A:A:48 3lnx22.373218.713YesYesNoNo00
21A:A:53 A:A:56 3lnx32.065211.9822YesNoYesYes00
22A:A:52 A:A:53 3lnx55.97830NoNoYesNo00
23A:A:46 A:A:47 3lnx22.282617.5296YesYesYesYes00
24A:A:53 A:A:54 3lnx27.44575.32544YesNoNoNo00
25A:A:54 A:A:55 3lnx25.905810.9467NoNoNoYes00
26A:A:88 A:A:89 3lnx38.858717.3817NoNoNoNo00
27A:A:60 A:A:88 3lnx39.764516.4941YesYesNoNo00
28A:A:57 A:A:59 3lnx46.37680YesYesNoNo00
29A:A:61 A:A:64 3lnx62.86239.46746YesYesNoNo00
30A:A:64 A:A:65 3lnx55.344212.0562NoNoNoNo00
31A:A:65 A:A:66 3lnx41.757217.9734NoNoNoNo00
32A:A:22 A:A:71 3lnx51.0870NoNoNoYes00
33A:A:72 A:A:73 3lnx69.384113.5355NoNoNoNo00
34A:A:73 A:A:74 3lnx63.31525.17751NoNoNoYes00
35A:A:74 A:A:75 3lnx28.713817.5296NoYesNoNo00
36A:A:76 A:A:77 3lnx27.717410.6509YesYesNoNo00
37A:A:87 A:A:9 3lnx53.62322.81065NoNoYesNo00
38A:A:21 A:A:39 3lnx25.09067.10059NoNoYesYes00
39A:A:74 A:A:77 3lnx31.61233.84615NoYesNoNo00
40A:A:60 A:A:87 3lnx88.22465.39941YesYesNoNo00
41A:A:45 A:A:48 3lnx22.19211.3905NoYesNoNo00
42A:A:45 A:A:46 3lnx26.449314.571NoYesYesYes00
43A:A:2 A:A:3 Shared28.351437.7959NoNoNoNo00
44A:A:5 A:A:6 Shared21.467462.2041NoNoNoNo00
45A:A:6 A:A:7 Shared34.510973.8905NoNoYesYes00
46A:A:7 A:A:91 Shared63.496476.8491YesYesYesYes00
47A:A:7 A:A:8 Shared57.33733.8757YesYesNoNo00
48A:A:8 A:A:86 Shared26.449328.7722NoNoYesYes00
49A:A:11 A:A:12 Shared92.119654.9556YesYesNoNo00
50A:A:12 A:A:13 Shared85.416749.926NoNoYesNo00
51A:A:85 A:A:86 Shared57.33764.0533NoNoYesYes00
52A:A:84 A:A:85 Shared49.909420.4882NoNoNoNo00
53A:A:56 A:A:91 Shared38.2246100YesYesYesYes00
54A:A:55 A:A:56 Shared46.014520.1183NoYesYesYes00
55A:A:37 A:A:55 Shared62.047121.6716NoNoNoYes00
56A:A:36 A:A:37 Shared77.989142.3817YesYesNoNo00
57A:A:23 A:A:36 Shared50.996457.3964NoNoYesYes00
58A:A:22 A:A:23 Shared52.80864.2012NoNoNoNo00
59A:A:34 A:A:57 Shared67.572522.5592YesYesYesYes00
60A:A:35 A:A:58 Shared61.594273.4467YesYesNoNo00
61A:A:35 A:A:69 Shared57.155852.2929YesYesYesYes00
62A:A:69 A:A:70 Shared48.460148.0769YesYesNoNo00
63A:A:70 A:A:71 Shared45.742893.0473NoNoNoYes00
64A:A:37 A:A:38 Shared47.463842.1598NoNoNoNo00
65A:A:38 A:A:39 Shared44.384139.497NoNoYesYes00
66A:A:39 A:A:40 Shared58.152225.2219YesYesNoNo00
67A:A:40 A:A:41 Shared55.344222.929NoNoYesYes00
68A:A:41 A:A:42 Shared32.065238.9793YesYesYesYes00
69A:A:51 A:A:52 Shared71.286220.784NoYesNoNo00
70A:A:49 A:A:51 Shared65.398669.9704YesYesNoYes00
71A:A:48 A:A:49 Shared29.076129.8077NoNoYesYes00
72A:A:46 A:A:49 Shared23.731927.2189YesYesYesYes00
73A:A:60 A:A:61 Shared96.286238.9793YesYesYesYes00
74A:A:59 A:A:60 Shared10061.3166NoNoYesYes00
75A:A:66 A:A:67 Shared27.989127.2189NoNoNoNo00
76A:A:71 A:A:72 Shared77.717427.5148NoYesNoNo00
77A:A:13 A:A:81 Shared81.793541.3462YesNoNoNo00
78A:A:80 A:A:81 Shared73.097844.6006NoNoNoNo00
79A:A:76 A:A:80 Shared49.184823.3728YesYesNoNo00
80A:A:75 A:A:76 Shared28.894927.5888NoNoYesYes00
81A:A:18 A:A:19 Shared38.315227.071NoNoNoYes00
82A:A:31 A:A:36 Shared33.786229.5118YesYesYesYes00
83A:A:42 A:A:47 Shared40.126865.3846YesYesYesYes00
84A:A:11 A:A:45 Shared48.188443.9349YesYesNoYes00
85A:A:19 A:A:41 Shared35.688427.2929NoYesYesYes00
86A:A:58 A:A:59 Shared51.811665.9024NoNoNoNo00
87A:A:35 A:A:36 Shared33.695769.0089YesYesYesYes00
88A:A:21 A:A:22 Shared33.514526.4793NoNoNoNo00
89A:A:2 A:A:5 3lny11.684850.2219NoNoNoNo00
90A:A:11 A:A:85 3lny056.7308YesYesNoNo00
91A:A:13 A:A:16 3lny025.074YesNoNoNo00
92A:A:51 A:A:91 3lny061.2426NoYesYesYes00
93A:A:42 A:A:44 3lny1.9021725.074YesYesNoYes00
94A:A:19 A:A:44 3lny026.4793NoYesNoYes00
95A:A:56 A:A:57 3lny093.8609YesYesYesYes00
96A:A:36 A:A:57 3lny083.432YesYesYesYes00
97A:A:30 A:A:31 3lny16.757221.2278YesNoYesYes00
98A:A:57 A:A:58 3lny13.858761.0947YesYesNoNo00
99A:A:60 A:A:86 3lny045.2663YesYesYesYes00
100A:A:57 A:A:67 3lny045.2663YesYesNoNo00
101A:A:25 A:A:35 3lny11.775455.3994YesYesYesYes00
102A:A:25 A:A:70 3lny051.8491YesYesNoNo00
103A:A:22 B:B:6 3lny043.2692NoNoNoNo00
104B:B:5 B:B:6 3lny024.1864NoNoNoNo00
105A:A:79 A:A:80 3lny17.753626.997NoNoNoNo00
106B:B:6 B:B:7 3lny046.4497NoNoNoNo00
107A:A:79 B:B:7 3lny037.7959NoNoNoNo00
108A:A:71 A:A:75 3lny047.4112NoYesNoNo00
109A:A:3 A:A:4 3lny9.3297125.3698NoNoNoNo00
110A:A:20 B:B:8 3lny030.8432NoNoNoYes00
111A:A:45 A:A:47 3lny022.1893NoYesYesYes00
112A:A:19 B:B:8 3lny042.6035NoYesNoYes00
113B:B:7 B:B:8 3lny044.4527NoNoNoYes00

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Owner: the name of the network the link belong to or "Shared" if the corresponding link is present in both networks.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Here, those paths that begin and end at given residue pair(s) or that pass through a residue are used to generate a novel metapath. Such a path filtering is particularly recommended if some information on allosteric residues is available. The selection syntax for a residue pair ("Pairs") is C:C:c534,A:A:?600 (the lower-case "c" stands for cytosine and "?" indicates any non standard amino acid or nucleotide residue). Selection of more than one apical residue pair has the following syntax: C:C:c534,A:A:?600,C:C:c534,A:A:E41. Only one residue can be selected as a tail ("Tail"). For midway residue(s), each residue must be separated by a comma as well e.g. A:A:?600,A:A:E41.

Midway



Index Node1 Node2 Owner 3lnx Recurrency 3lny Recurrency 3lnx Hub1? 3lny Hub1? 3lnx Hub2? 3lny Hub2? Value1 Value2

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Owner: the name of the network the link belong to or "Shared" if the corresponding link is present in both networks.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Download PSN data

2D representation of the global metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

2D representation of the user filetered metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

Nets Differences
Value 3lnx 3lny
Imin 4.56612 4.62969
Number of Linked Nodes 94 100
Number of Specific Nodes 0 (0.00%) 6  (6.00%)
Number of Shared Nodes 94 (100.00%) 94  (94.00%)
Number of Links 130 149
Number of Specific Links 12 (9.23%) 31  (20.81%)
Number of Shared Links 118 (90.77%) 118  (79.19%)
Number of Hubs 26 31
Number of Specific Hubs 4 (15.38%) 9  (29.03%)
Number of Shared Hubs 22 (84.62%) 22  (70.97%)
Average % Shared Neighbours (Jaccard) 75.69
Average % Shared Neighbours (Otsuka) 83.10
Average % Shared Neighbours (Overlap Coefficient) 90.93
Average % Shared Cliques (k3-6) 59.85
Graphlets Similarity 67.18
Paths Differences
Value 3lnx 3lny
Number Of Nodes in MetaPath 73 63
Specific Nodes in MetaPath 20 (27.40%) 10  (15.87%)
Shared Nodes in MetaPath 94 (100.00%) 94  (100.00%)
Number Of Links MetaPath 88 71
Specific Links in MetaPath 42 (47.73%) 25  (35.21%)
Shared Links in MetaPath 118 (90.77%) 118  (90.77%)
Number of Shortest Paths 6419 7152
Length Of Smallest Path 3 3
Average Path Length 8.8774 8.36661
Length of Longest Path 17 18
Minimum Path Force 1.73 1.41
Average Path Force 5.30654 5.15433
Maximum Path Force 10.685 10.43
Minimum Path Correlation 0.805 0.814
Average Path Correlation 0.887529 0.884613
Maximum Path Correlation 0.943 0.932
Minimum % Of Corr. Nodes 7.14286 6.25
Average % Of Corr. Nodes 27.079 28.0258
Maximum % Of Corr. Nodes 100 100
Minimum Path Hubs % 0 0
Average Path Hubs % 40.6612 49.867
Maximum Path Hubs % 100 100
Filtered Paths Differences
Value 3lnx 3lny
Number Of Nodes in MetaPath available after path filtering available after path filtering
Specific Nodes in MetaPath available after path filtering (%) available after path filtering (%)
Shared Nodes in MetaPath available after path filtering (%) available after path filtering (%)
Number Of Links MetaPath available after path filtering available after path filtering
Specific Links in MetaPath available after path filtering (%) available after path filtering (%)
Shared Links in MetaPath available after path filtering (%) available after path filtering (%)
Number of Shortest Paths available after path filtering available after path filtering
Length Of Smallest Path available after path filtering available after path filtering
Average Path Length available after path filtering available after path filtering
Length of Longest Path available after path filtering available after path filtering
Minimum Path Force available after path filtering available after path filtering
Average Path Force available after path filtering available after path filtering
Maximum Path Force available after path filtering available after path filtering
Minimum Path Correlation available after path filtering available after path filtering
Average Path Correlation available after path filtering available after path filtering
Maximum Path Correlation available after path filtering available after path filtering
Minimum % Of Corr. Nodes available after path filtering available after path filtering
Average % Of Corr. Nodes available after path filtering available after path filtering
Maximum % Of Corr. Nodes available after path filtering available after path filtering
Minimum Path Hubs % available after path filtering available after path filtering
Average Path Hubs % available after path filtering available after path filtering
Maximum Path Hubs % available after path filtering available after path filtering

Details about the values in these tables can be found in the corresponding documentation page .

The two jobs that make up this difference run.

3lny

3lnx

Sequence Alignment

Labels Table
NLabPresentIn3lny.pdb3lnx.pdb
1A:A:1100.00A:A:P1A:A:P1
2A:A:2100.00A:A:K2A:A:K2
3A:A:3100.00A:A:P3A:A:P3
4A:A:4100.00A:A:G4A:A:G4
5A:A:5100.00A:A:D5A:A:D5
6A:A:6100.00A:A:I6A:A:I6
7A:A:7100.00A:A:F7A:A:F7
8A:A:8100.00A:A:E8A:A:E8
9A:A:9100.00A:A:V9A:A:V9
10A:A:10100.00A:A:E10A:A:E10
11A:A:11100.00A:A:L11A:A:L11
12A:A:12100.00A:A:A12A:A:A12
13A:A:13100.00A:A:K13A:A:K13
14A:A:14100.00A:A:N14A:A:N14
15A:A:15100.00A:A:D15A:A:D15
16A:A:16100.00A:A:N16A:A:N16
17A:A:17100.00A:A:S17A:A:S17
18A:A:18100.00A:A:L18A:A:L18
19A:A:19100.00A:A:G19A:A:G19
20A:A:20100.00A:A:I20A:A:I20
21A:A:21100.00A:A:S21A:A:S21
22A:A:22100.00A:A:V22A:A:V22
23A:A:23100.00A:A:T23A:A:T23
24A:A:24100.00A:A:G24A:A:G24
25A:A:25100.00A:A:G25A:A:G25
26A:A:26100.00A:A:V26A:A:V26
27A:A:27100.00A:A:N27A:A:N27
28A:A:28100.00A:A:T28A:A:T28
29A:A:29100.00A:A:S29A:A:S29
30A:A:30100.00A:A:V30A:A:V30
31A:A:31100.00A:A:R31A:A:R31
32A:A:32100.00A:A:H32A:A:H32
33A:A:33100.00A:A:G33A:A:G33
34A:A:34100.00A:A:G34A:A:G34
35A:A:35100.00A:A:I35A:A:I35
36A:A:36100.00A:A:Y36A:A:Y36
37A:A:37100.00A:A:V37A:A:V37
38A:A:38100.00A:A:K38A:A:K38
39A:A:39100.00A:A:A39A:A:A39
40A:A:40100.00A:A:V40A:A:V40
41A:A:41100.00A:A:I41A:A:I41
42A:A:42100.00A:A:P42A:A:P42
43A:A:43100.00A:A:Q43A:A:Q43
44A:A:44100.00A:A:G44A:A:G44
45A:A:45100.00A:A:A45A:A:A45
46A:A:46100.00A:A:A46A:A:A46
47A:A:47100.00A:A:E47A:A:E47
48A:A:48100.00A:A:S48A:A:S48
49A:A:49100.00A:A:D49A:A:D49
50A:A:50100.00A:A:G50A:A:G50
51A:A:51100.00A:A:R51A:A:R51
52A:A:52100.00A:A:I52A:A:I52
53A:A:53100.00A:A:H53A:A:H53
54A:A:54100.00A:A:K54A:A:K54
55A:A:55100.00A:A:G55A:A:G55
56A:A:56100.00A:A:D56A:A:D56
57A:A:57100.00A:A:R57A:A:R57
58A:A:58100.00A:A:V58A:A:V58
59A:A:59100.00A:A:L59A:A:L59
60A:A:60100.00A:A:A60A:A:A60
61A:A:61100.00A:A:V61A:A:V61
62A:A:62100.00A:A:N62A:A:N62
63A:A:63100.00A:A:G63A:A:G63
64A:A:64100.00A:A:V64A:A:V64
65A:A:65100.00A:A:S65A:A:S65
66A:A:66100.00A:A:L66A:A:L66
67A:A:67100.00A:A:E67A:A:E67
68A:A:68100.00A:A:G68A:A:G68
69A:A:69100.00A:A:A69A:A:A69
70A:A:70100.00A:A:T70A:A:T70
71A:A:71100.00A:A:H71A:A:H71
72A:A:72100.00A:A:K72A:A:K72
73A:A:73100.00A:A:Q73A:A:Q73
74A:A:74100.00A:A:A74A:A:A74
75A:A:75100.00A:A:V75A:A:V75
76A:A:76100.00A:A:E76A:A:E76
77A:A:77100.00A:A:T77A:A:T77
78A:A:78100.00A:A:L78A:A:L78
79A:A:79100.00A:A:R79A:A:R79
80A:A:80100.00A:A:N80A:A:N80
81A:A:81100.00A:A:T81A:A:T81
82A:A:82100.00A:A:G82A:A:G82
83A:A:83100.00A:A:Q83A:A:Q83
84A:A:84100.00A:A:V84A:A:V84
85A:A:85100.00A:A:V85A:A:V85
86A:A:86100.00A:A:H86A:A:H86
87A:A:87100.00A:A:L87A:A:L87
88A:A:88100.00A:A:L88A:A:L88
89A:A:89100.00A:A:L89A:A:L89
90A:A:90100.00A:A:E90A:A:E90
91A:A:91100.00A:A:K91A:A:K91
92A:A:92100.00A:A:G92A:A:G92
93A:A:93100.00A:A:Q93A:A:Q93
94A:A:94100.00A:A:S94A:A:S94
95B:B:350.00B:B:E3-
96B:B:450.00B:B:Q4-
97B:B:550.00B:B:V5-
98B:B:650.00B:B:S6-
99B:B:750.00B:B:A7-
100B:B:850.00B:B:V8-

Trj Stats Plots:

Stat 1 Stat 2 Documentation

You can download a compressed (zip) file with all submitted structures, 3D outputs (as PyMol and VMD scripts) and numerical data files (as csv and plain text files). The zip bundle also contains an output manual explaining the meaning of all files and numerical data.

Download webpsn_output_jobtut2df.zip