webPSN

Color	Trajectory Frequency
	0 < Freq. ≤ 10
	10 < Freq. ≤ 20
	20 < Freq. ≤ 30
	30 < Freq. ≤ 40
	40 < Freq. ≤ 50
	50 < Freq. ≤ 60
	60 < Freq. ≤ 70
	70 < Freq. ≤ 80
	80 < Freq. ≤ 90
	90 < Freq. ≤ 100

Index	Node1	Node2	Freq	Hub1?	Hub2?	Community
1	A:A:K2	A:A:P1	100	No	No	0
2	A:A:K2	A:A:P3	100	No	No	0
3	A:A:D5	A:A:K2	90.28	No	No	0
4	A:A:G4	A:A:P3	100	No	No	0
5	A:A:K91	A:A:P3	75.56	Yes	No	0
6	A:A:D5	A:A:I6	99.89	No	No	0
7	A:A:F7	A:A:I6	97.25	Yes	No	0
8	A:A:E8	A:A:F7	67.53	No	Yes	0
9	A:A:F7	A:A:L89	99.98	Yes	No	0
10	A:A:F7	A:A:K91	78.42	Yes	Yes	0
11	A:A:E8	A:A:V9	99.86	No	Yes	3
12	A:A:E8	A:A:H86	87.6	No	Yes	3
13	A:A:H86	A:A:V9	58.55	Yes	Yes	3
14	A:A:L87	A:A:V9	83.67	No	Yes	3
15	A:A:E10	A:A:L11	96.75	No	Yes	0
16	A:A:K13	A:A:N14	55.92	Yes	No	0
17	A:A:K13	A:A:T81	98.37	Yes	No	0
18	A:A:D15	A:A:N14	100	No	No	0
19	A:A:D15	A:A:N16	99.37	No	No	0
20	A:A:L18	A:A:S17	93.61	No	No	0
21	A:A:I20	A:A:S21	100	No	No	5
22	A:A:S21	A:A:V22	100	No	No	0
23	A:A:T23	A:A:V22	100	No	No	0
24	A:A:H71	A:A:V22	56.64	No	No	0
25	A:A:G24	A:A:T23	98.03	No	No	0
26	A:A:N27	A:A:V26	83.22	No	No	0
27	A:A:N27	A:A:T28	100	No	No	0
28	A:A:S29	A:A:T28	81.15	No	No	0
29	A:A:S29	A:A:V30	100	No	Yes	0
30	A:A:R31	A:A:V30	99.97	Yes	Yes	1
31	A:A:H32	A:A:R31	78.65	No	Yes	1
32	A:A:R31	A:A:Y36	53.53	Yes	Yes	1
33	A:A:I35	A:A:Y36	100	Yes	Yes	1
34	A:A:I35	A:A:V58	89.13	Yes	No	1
35	A:A:V37	A:A:Y36	100	No	Yes	0
36	A:A:K38	A:A:V37	98.26	No	No	0
37	A:A:I41	A:A:V40	100	Yes	No	0
38	A:A:I41	A:A:P42	100	Yes	Yes	2
39	A:A:P42	A:A:Q43	99.47	Yes	No	2
40	A:A:E47	A:A:P42	89.55	Yes	Yes	2
41	A:A:E47	A:A:S48	97.18	Yes	No	0
42	A:A:D49	A:A:S48	86.98	Yes	No	0
43	A:A:D49	A:A:R51	100	Yes	No	0
44	A:A:I52	A:A:R51	100	No	No	0
45	A:A:H53	A:A:I52	67.55	Yes	No	0
46	A:A:I52	A:A:L89	57.65	No	No	0
47	A:A:H53	A:A:K54	100	Yes	No	0
48	A:A:D56	A:A:H53	74.84	Yes	Yes	0
49	A:A:D56	A:A:K91	94.54	Yes	Yes	4
50	A:A:R57	A:A:V58	100	Yes	No	1
51	A:A:L59	A:A:R57	76.83	No	Yes	1
52	A:A:E90	A:A:R57	59.56	No	Yes	0
53	A:A:L59	A:A:V58	99.84	No	No	1
54	A:A:N62	A:A:V61	99.99	No	Yes	6
55	A:A:V61	A:A:V64	99.71	Yes	No	0
56	A:A:S65	A:A:V64	100	No	No	0
57	A:A:L66	A:A:S65	91.58	No	No	0
58	A:A:E67	A:A:L66	91.3	No	No	0
59	A:A:H71	A:A:T70	99.99	No	No	0
60	A:A:H71	A:A:K72	99.74	No	No	0
61	A:A:K72	A:A:Q73	99.72	No	No	0
62	A:A:E76	A:A:V75	100	Yes	No	0
63	A:A:E76	A:A:T77	100	Yes	No	0
64	A:A:E76	A:A:R79	55.58	Yes	No	7
65	A:A:E76	A:A:N80	54.99	Yes	No	7
66	A:A:L78	A:A:T77	99.41	No	No	0
67	A:A:L78	A:A:R79	98.4	No	No	0
68	A:A:N80	A:A:R79	90.1	No	No	7
69	A:A:N80	A:A:T81	100	No	No	0
70	A:A:Q83	A:A:V84	92.1	No	No	0
71	A:A:V84	A:A:V85	100	No	No	0
72	A:A:H86	A:A:V85	77.98	Yes	No	0
73	A:A:H86	A:A:L87	99.93	Yes	No	3
74	A:A:L88	A:A:L89	99.96	No	No	0
75	A:A:E90	A:A:K91	99.99	No	Yes	0
76	A:A:Q93	A:A:S94	83.91	No	No	0
77	A:A:E10	A:A:V9	11.1	No	Yes	0
78	A:A:K13	A:A:Q83	40.01	Yes	No	0
79	A:A:T23	A:A:Y36	27.05	No	Yes	0
80	A:A:G33	A:A:V30	30.16	Yes	Yes	1
81	A:A:G92	A:A:K91	20.33	No	Yes	4
82	A:A:D49	A:A:G50	24.27	Yes	No	2
83	A:A:G82	A:A:T81	0.77	No	No	0
84	A:A:G63	A:A:V61	0	No	Yes	6
85	A:A:G44	A:A:P42	0	No	Yes	2
86	A:A:G55	A:A:K54	0.09	No	No	0
87	A:A:G19	A:A:L18	0	No	No	0
88	A:A:A74	A:A:V75	1.51	No	No	0
89	A:A:A60	A:A:V61	0.09	Yes	Yes	0
90	A:A:A69	A:A:T70	0.03	Yes	No	0
91	A:A:E67	A:A:G68	0.22	No	No	0
92	A:A:A39	A:A:S21	0	Yes	No	5
93	A:A:A12	A:A:K13	0	No	Yes	0
94	A:A:A60	A:A:L88	0.04	Yes	No	0
95	A:A:A46	A:A:E47	0	Yes	Yes	2
96	A:A:G34	A:A:Y36	17.83	Yes	Yes	1
97	A:A:L11	A:A:L18	9.05	Yes	No	0
98	A:A:G25	A:A:I35	0	Yes	Yes	1
99	A:A:A45	A:A:S48	0	No	No	0
100	A:A:H53	A:A:S94	16.4	Yes	No	0
101	A:A:A12	A:A:L11	3.3	No	Yes	0
102	A:A:A45	A:A:L11	0	No	Yes	0
103	A:A:G19	A:A:I41	1.38	No	Yes	0
104	A:A:A39	A:A:I20	0.42	Yes	No	5
105	A:A:G24	A:A:G25	0	No	Yes	0
106	A:A:A69	A:A:G25	0	Yes	Yes	1
107	A:A:A69	A:A:V26	0	Yes	No	0
108	A:A:G33	A:A:R31	0	Yes	Yes	1
109	A:A:G33	A:A:H32	0.08	Yes	No	1
110	A:A:G34	A:A:H32	0.41	Yes	No	1
111	A:A:G33	A:A:G34	0	Yes	Yes	1
112	A:A:G34	A:A:I35	0	Yes	Yes	1
113	A:A:G34	A:A:R57	16.54	Yes	Yes	1
114	A:A:A69	A:A:I35	0	Yes	Yes	1
115	A:A:G55	A:A:V37	0	No	No	0
116	A:A:A39	A:A:K38	0	Yes	No	0
117	A:A:A39	A:A:V40	12.2	Yes	No	0
118	A:A:G44	A:A:I41	0	No	Yes	2
119	A:A:G44	A:A:Q43	0	No	No	2
120	A:A:A45	A:A:A46	0	No	Yes	0
121	A:A:A46	A:A:D49	0.2	Yes	Yes	2
122	A:A:A46	A:A:G50	0	Yes	No	2
123	A:A:E47	A:A:G50	0.25	Yes	No	2
124	A:A:D56	A:A:G55	0.16	Yes	No	0
125	A:A:D56	A:A:G92	0	Yes	No	4
126	A:A:A60	A:A:L59	0	Yes	No	0
127	A:A:A60	A:A:L87	0	Yes	No	0
128	A:A:G63	A:A:N62	0.01	No	No	6
129	A:A:A74	A:A:Q73	0	No	No	0
130	A:A:A74	A:A:T77	0.94	No	No	0

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Color	Trajectory Frequency
	0 < Freq. ≤ 10
	10 < Freq. ≤ 20
	20 < Freq. ≤ 30
	30 < Freq. ≤ 40
	40 < Freq. ≤ 50
	50 < Freq. ≤ 60
	60 < Freq. ≤ 70
	70 < Freq. ≤ 80
	80 < Freq. ≤ 90
	90 < Freq. ≤ 100

Index	Hub	Freq	Num Of Links	Community
1	A:A:F7	74.55	4	0
2	A:A:K13	67.61	4	0
3	A:A:G25	56.42	3	0
4	A:A:V30	69.27	3	0
5	A:A:R31	50.53	4	0
6	A:A:G33	60.92	4	0
7	A:A:Y36	83.12	5	0
8	A:A:P42	82.67	4	0
9	A:A:E47	52.87	4	0
10	A:A:H53	50	4	0
11	A:A:D56	70.53	4	3
12	A:A:R57	84	4	3
13	A:A:V61	97.36	4	3
14	A:A:K91	96.44	5	3
15	A:A:V9	30.39	4	0
16	A:A:L11	32.68	4	0
17	A:A:G34	28.01	5	0
18	A:A:I35	38.69	5	0
19	A:A:A39	6.74	4	0
20	A:A:I41	21.83	4	0
21	A:A:A46	31.72	4	5
22	A:A:D49	33.1	4	0
23	A:A:A60	7.47	4	0
24	A:A:A69	16.91	4	0
25	A:A:E76	38.9	4	0
26	A:A:H86	49.8	4	0

Index: hub id, click on each number to highlight the corresponding hub in the 3D visualization.

Hub: the hub being considered.

Freq: the trajectory frequency of the corresponding hub.

Num Of Links: the number of links of the corresponding hub.

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value: this column reports the value present in the user submitted external values file (if any).

Color	Relative Recurrence (%)
	0 < rr ≤ 10
	10 < rr ≤ 20
	20 < rr ≤ 30
	30 < rr ≤ 40
	40 < rr ≤ 50
	50 < rr ≤ 60
	60 < rr ≤ 70
	70 < rr ≤ 80
	80 < rr ≤ 90
	90 < rr ≤ 100

Index	Node1	Node2	Recurrency	Freq	Hub1?	Hub2?	Community
1	A:A:K2	A:A:P3	28.3514	100	No	No	0
2	A:A:K91	A:A:P3	46.1957	75.56	Yes	No	0
3	A:A:D5	A:A:I6	21.4674	99.89	No	No	0
4	A:A:F7	A:A:I6	34.5109	97.25	Yes	No	0
5	A:A:F7	A:A:K91	63.4964	78.42	Yes	Yes	0
6	A:A:E8	A:A:F7	57.337	67.53	No	Yes	0
7	A:A:F7	A:A:L89	30.2536	99.98	Yes	No	0
8	A:A:E8	A:A:V9	31.8841	99.86	No	Yes	3
9	A:A:E8	A:A:H86	26.4493	87.6	No	Yes	3
10	A:A:L87	A:A:V9	53.6232	83.67	No	Yes	3
11	A:A:H86	A:A:L87	36.6848	99.93	Yes	No	3
12	A:A:E10	A:A:V9	83.4239	11.1	No	Yes	0
13	A:A:E10	A:A:L11	81.7935	96.75	No	Yes	0
14	A:A:A12	A:A:K13	85.4167	0	No	Yes	0
15	A:A:A12	A:A:L11	92.1196	3.3	No	Yes	0
16	A:A:K13	A:A:Q83	44.7464	40.01	Yes	No	0
17	A:A:Q83	A:A:V84	47.6449	92.1	No	No	0
18	A:A:V84	A:A:V85	49.9094	100	No	No	0
19	A:A:H86	A:A:V85	57.337	77.98	Yes	No	0
20	A:A:K13	A:A:N14	49.3659	55.92	Yes	No	0
21	A:A:K13	A:A:T81	81.7935	98.37	Yes	No	0
22	A:A:D15	A:A:N14	33.0616	100	No	No	0
23	A:A:L11	A:A:L18	42.3913	9.05	Yes	No	0
24	A:A:A39	A:A:K38	44.3841	0	Yes	No	0
25	A:A:K38	A:A:V37	47.4638	98.26	No	No	0
26	A:A:G55	A:A:V37	62.0471	0	No	No	0
27	A:A:D56	A:A:G55	46.0145	0.16	Yes	No	0
28	A:A:D56	A:A:K91	38.2246	94.54	Yes	Yes	4
29	A:A:A39	A:A:S21	25.0906	0	Yes	No	5
30	A:A:V37	A:A:Y36	77.9891	100	No	Yes	0
31	A:A:T23	A:A:Y36	50.9964	27.05	No	Yes	0
32	A:A:T23	A:A:V22	52.808	100	No	No	0
33	A:A:E90	A:A:K91	53.2609	99.99	No	Yes	0
34	A:A:E90	A:A:R57	49.9094	59.56	No	Yes	0
35	A:A:G34	A:A:R57	67.5725	16.54	Yes	Yes	1
36	A:A:G34	A:A:Y36	34.8732	17.83	Yes	Yes	1
37	A:A:H71	A:A:V22	51.087	56.64	No	No	0
38	A:A:H71	A:A:T70	45.7428	99.99	No	No	0
39	A:A:A69	A:A:T70	48.4601	0.03	Yes	No	0
40	A:A:A69	A:A:I35	57.1558	0	Yes	Yes	1
41	A:A:I35	A:A:V58	61.5942	89.13	Yes	No	1
42	A:A:A69	A:A:V26	31.1594	0	Yes	No	0
43	A:A:N27	A:A:V26	22.5543	83.22	No	No	0
44	A:A:G33	A:A:G34	22.7355	0	Yes	Yes	1
45	A:A:S29	A:A:V30	20.1993	100	No	Yes	0
46	A:A:R31	A:A:Y36	33.7862	53.53	Yes	Yes	1
47	A:A:I41	A:A:V40	55.3442	100	Yes	No	0
48	A:A:A39	A:A:V40	58.1522	12.2	Yes	No	0
49	A:A:I52	A:A:L89	41.9384	57.65	No	No	0
50	A:A:I52	A:A:R51	71.2862	100	No	No	0
51	A:A:D49	A:A:R51	65.3986	100	Yes	No	0
52	A:A:D49	A:A:S48	29.0761	86.98	Yes	No	0
53	A:A:E47	A:A:S48	22.3732	97.18	Yes	No	0
54	A:A:E47	A:A:P42	40.1268	89.55	Yes	Yes	2
55	A:A:D56	A:A:H53	32.0652	74.84	Yes	Yes	0
56	A:A:H53	A:A:I52	55.9783	67.55	Yes	No	0
57	A:A:A46	A:A:D49	23.7319	0.2	Yes	Yes	2
58	A:A:A46	A:A:E47	22.2826	0	Yes	Yes	2
59	A:A:I41	A:A:P42	32.0652	100	Yes	Yes	2
60	A:A:H53	A:A:K54	27.4457	100	Yes	No	0
61	A:A:G55	A:A:K54	25.9058	0.09	No	No	0
62	A:A:L59	A:A:R57	46.3768	76.83	No	Yes	1
63	A:A:L88	A:A:L89	38.8587	99.96	No	No	0
64	A:A:A60	A:A:L88	39.7645	0.04	Yes	No	0
65	A:A:A60	A:A:V61	96.2862	0.09	Yes	Yes	0
66	A:A:A60	A:A:L59	100	0	Yes	No	0
67	A:A:V61	A:A:V64	62.8623	99.71	Yes	No	0
68	A:A:S65	A:A:V64	55.3442	100	No	No	0
69	A:A:L66	A:A:S65	41.7572	91.58	No	No	0
70	A:A:E67	A:A:L66	27.9891	91.3	No	No	0
71	A:A:H71	A:A:K72	77.7174	99.74	No	No	0
72	A:A:K72	A:A:Q73	69.3841	99.72	No	No	0
73	A:A:E76	A:A:N80	49.1848	54.99	Yes	No	7
74	A:A:N80	A:A:T81	73.0978	100	No	No	0
75	A:A:E76	A:A:V75	28.8949	100	Yes	No	0
76	A:A:A74	A:A:Q73	63.3152	0	No	No	0
77	A:A:A74	A:A:V75	28.7138	1.51	No	No	0
78	A:A:E76	A:A:T77	27.7174	100	Yes	No	0
79	A:A:A74	A:A:T77	31.6123	0.94	No	No	0
80	A:A:G19	A:A:L18	38.3152	0	No	No	0
81	A:A:A45	A:A:L11	48.1884	0	No	Yes	0
82	A:A:G19	A:A:I41	35.6884	1.38	No	Yes	0
83	A:A:A60	A:A:L87	88.2246	0	Yes	No	0
84	A:A:L59	A:A:V58	51.8116	99.84	No	No	1
85	A:A:A45	A:A:S48	22.192	0	No	No	0
86	A:A:A45	A:A:A46	26.4493	0	No	Yes	0
87	A:A:I35	A:A:Y36	33.6957	100	Yes	Yes	1
88	A:A:S21	A:A:V22	33.5145	100	No	No	0

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Color	Relative Recurrence (%)
	0 < rr ≤ 10
	10 < rr ≤ 20
	20 < rr ≤ 30
	30 < rr ≤ 40
	40 < rr ≤ 50
	50 < rr ≤ 60
	60 < rr ≤ 70
	70 < rr ≤ 80
	80 < rr ≤ 90
	9 < rr ≤ 10

Here, those paths that begin and end at given residue pair(s) or that pass through a residue are used to generate a novel metapath. Such a path filtering is particularly recommended if some information on allosteric residues is available. The selection syntax for a residue pair ("Pairs") is C:C:c534,A:A:?600 (the lower-case "c" stands for cytosine and "?" indicates any non standard amino acid or nucleotide residue). Selection of more than one apical residue pair has the following syntax: C:C:c534,A:A:?600,C:C:c534,A:A:E41. Only one residue can be selected as a tail ("Tail"). For midway residue(s), each residue must be separated by a comma as well e.g. A:A:?600,A:A:E41.

Index	Node1	Node2	Recurrency	Freq	Hub1?	Hub2?	Community	Value1	Value2

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Download PSN data

Trj Stats Plots:

Stat 1	Stat 2	Documentation

2D representation of the global metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

2D representation of the user filetered metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

Net Summary
I_min	4.56612
Number of Linked Nodes	94
Number of Links	130
Number of Hubs	26
Number of Links mediated by Hubs	85
Number of Communities	7
Number of Nodes involved in Communities	36
Number of Links involved in Communities	47

Path Summary
Number Of Nodes in MetaPath	89
Number Of Links MetaPath	88
Number of Shortest Paths	6419
Length Of Smallest Path	3
Average Path Length	8.8774
Length of Longest Path	17
Minimum Path Force	1.73
Average Path Force	5.30654
Maximum Path Force	10.685
Minimum Path Correlation	0.805
Average Path Correlation	0.887529
Maximum Path Correlation	0.943
Minimum % Of Corr. Nodes	7.14286
Average % Of Corr. Nodes	27.079
Maximum % Of Corr. Nodes	100
Minimum Path Hubs %	0
Average Path Hubs %	40.6613
Maximum Path Hubs %	100

Filtered Path Summary
Number Of Nodes in MetaPath	available after path filtering
Number Of Links MetaPath	available after path filtering
Number of Shortest Paths	available after path filtering
Length Of Smallest Path	available after path filtering
Average Path Length	available after path filtering
Length of Longest Path	available after path filtering
Minimum Path Force	available after path filtering
Average Path Force	available after path filtering
Maximum Path Force	available after path filtering
Minimum Path Correlation	available after path filtering
Average Path Correlation	available after path filtering
Maximum Path Correlation	available after path filtering
Minimum % Of Corr. Nodes	available after path filtering
Average % Of Corr. Nodes	available after path filtering
Maximum % Of Corr. Nodes	available after path filtering
Minimum Path Hubs %	available after path filtering
Average Path Hubs %	available after path filtering
Maximum Path Hubs %	available after path filtering

Details about the values in these tables can be found in the corresponding documentation page .

You can download a compressed (zip) file with all submitted structures, 3D outputs (as PyMol and VMD scripts) and numerical data files (as csv and plain text files). The zip bundle also contains an output manual explaining the meaning of all files and numerical data.

Download webpsn_output_jobtut2sn.zip