webPSN

Color	Trajectory Frequency
	0 < Freq. ≤ 10
	10 < Freq. ≤ 20
	20 < Freq. ≤ 30
	30 < Freq. ≤ 40
	40 < Freq. ≤ 50
	50 < Freq. ≤ 60
	60 < Freq. ≤ 70
	70 < Freq. ≤ 80
	80 < Freq. ≤ 90
	90 < Freq. ≤ 100

Index	Node1	Node2	Freq	Hub1?	Hub2?	Community
1	A:A:K2	A:A:P1	100	No	No	0
2	A:A:K2	A:A:P3	100	No	No	0
3	A:A:D5	A:A:K2	90.28	No	No	0
4	A:A:G4	A:A:P3	100	No	No	0
5	A:A:K91	A:A:P3	75.56	Yes	No	0
6	A:A:D5	A:A:I6	99.89	No	No	0
7	A:A:F7	A:A:I6	97.25	Yes	No	0
8	A:A:E8	A:A:F7	67.53	No	Yes	0
9	A:A:F7	A:A:L89	99.98	Yes	No	0
10	A:A:F7	A:A:K91	78.42	Yes	Yes	0
11	A:A:E8	A:A:V9	99.86	No	Yes	1
12	A:A:E8	A:A:H86	87.6	No	Yes	1
13	A:A:H86	A:A:V9	58.55	Yes	Yes	1
14	A:A:L87	A:A:V9	83.67	No	Yes	1
15	A:A:E10	A:A:L11	96.75	No	No	0
16	A:A:K13	A:A:N14	55.92	Yes	No	0
17	A:A:K13	A:A:T81	98.37	Yes	No	0
18	A:A:D15	A:A:N14	100	No	No	0
19	A:A:D15	A:A:N16	99.37	No	No	0
20	A:A:L18	A:A:S17	93.61	No	No	0
21	A:A:I20	A:A:S21	100	No	No	0
22	A:A:S21	A:A:V22	100	No	No	0
23	A:A:T23	A:A:V22	100	No	No	0
24	A:A:H71	A:A:V22	56.64	No	No	0
25	A:A:G24	A:A:T23	98.03	No	No	0
26	A:A:N27	A:A:V26	83.22	No	No	0
27	A:A:N27	A:A:T28	100	No	No	0
28	A:A:S29	A:A:T28	81.15	No	No	0
29	A:A:S29	A:A:V30	100	No	No	0
30	A:A:R31	A:A:V30	99.97	No	No	0
31	A:A:H32	A:A:R31	78.65	No	No	0
32	A:A:R31	A:A:Y36	53.53	No	Yes	0
33	A:A:I35	A:A:Y36	100	No	Yes	0
34	A:A:I35	A:A:V58	89.13	No	No	0
35	A:A:V37	A:A:Y36	100	No	Yes	0
36	A:A:K38	A:A:V37	98.26	No	No	0
37	A:A:I41	A:A:V40	100	No	No	0
38	A:A:I41	A:A:P42	100	No	Yes	0
39	A:A:P42	A:A:Q43	99.47	Yes	No	0
40	A:A:E47	A:A:P42	89.55	No	Yes	0
41	A:A:E47	A:A:S48	97.18	No	No	0
42	A:A:D49	A:A:S48	86.98	No	No	0
43	A:A:D49	A:A:R51	100	No	No	0
44	A:A:I52	A:A:R51	100	No	No	0
45	A:A:H53	A:A:I52	67.55	Yes	No	0
46	A:A:I52	A:A:L89	57.65	No	No	0
47	A:A:H53	A:A:K54	100	Yes	No	0
48	A:A:D56	A:A:H53	74.84	No	Yes	0
49	A:A:D56	A:A:K91	94.54	No	Yes	0
50	A:A:R57	A:A:V58	100	No	No	2
51	A:A:L59	A:A:R57	76.83	No	No	2
52	A:A:E90	A:A:R57	59.56	No	No	0
53	A:A:L59	A:A:V58	99.84	No	No	2
54	A:A:N62	A:A:V61	99.99	No	Yes	0
55	A:A:V61	A:A:V64	99.71	Yes	No	0
56	A:A:S65	A:A:V64	100	No	No	0
57	A:A:L66	A:A:S65	91.58	No	No	0
58	A:A:E67	A:A:L66	91.3	No	No	0
59	A:A:H71	A:A:T70	99.99	No	No	0
60	A:A:H71	A:A:K72	99.74	No	No	0
61	A:A:K72	A:A:Q73	99.72	No	No	0
62	A:A:E76	A:A:V75	100	Yes	No	0
63	A:A:E76	A:A:T77	100	Yes	No	0
64	A:A:E76	A:A:R79	55.58	Yes	No	3
65	A:A:E76	A:A:N80	54.99	Yes	No	3
66	A:A:L78	A:A:T77	99.41	No	No	0
67	A:A:L78	A:A:R79	98.4	No	No	0
68	A:A:N80	A:A:R79	90.1	No	No	3
69	A:A:N80	A:A:T81	100	No	No	0
70	A:A:Q83	A:A:V84	92.1	No	No	0
71	A:A:V84	A:A:V85	100	No	No	0
72	A:A:H86	A:A:V85	77.98	Yes	No	0
73	A:A:H86	A:A:L87	99.93	Yes	No	1
74	A:A:L88	A:A:L89	99.96	No	No	0
75	A:A:E90	A:A:K91	99.99	No	Yes	0
76	A:A:Q93	A:A:S94	83.91	No	No	0
77	A:A:E10	A:A:V9	11.1	No	Yes	0
78	A:A:K13	A:A:Q83	40.01	Yes	No	0
79	A:A:T23	A:A:Y36	27.05	No	Yes	0
80	A:A:G33	A:A:V30	30.16	No	No	0
81	A:A:G92	A:A:K91	20.33	No	Yes	0
82	A:A:D49	A:A:G50	24.27	No	No	0
83	A:A:G82	A:A:T81	0.77	No	No	0
84	A:A:G63	A:A:V61	0	No	Yes	0
85	A:A:G44	A:A:P42	0	No	Yes	0
86	A:A:G55	A:A:K54	0.09	No	No	0
87	A:A:G19	A:A:L18	0	No	No	0
88	A:A:A74	A:A:V75	1.51	No	No	0
89	A:A:A60	A:A:V61	0.09	No	Yes	0
90	A:A:A69	A:A:T70	0.03	No	No	0
91	A:A:E67	A:A:G68	0.22	No	No	0
92	A:A:A39	A:A:S21	0	No	No	0
93	A:A:A12	A:A:K13	0	No	Yes	0
94	A:A:A60	A:A:L88	0.04	No	No	0
95	A:A:A46	A:A:E47	0	No	No	0
96	A:A:G34	A:A:Y36	17.83	No	Yes	0
97	A:A:L11	A:A:L18	9.05	No	No	0
98	A:A:G25	A:A:I35	0	No	No	0
99	A:A:A45	A:A:S48	0	No	No	0
100	A:A:H53	A:A:S94	16.4	Yes	No	0

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Color	Trajectory Frequency
	0 < Freq. ≤ 10
	10 < Freq. ≤ 20
	20 < Freq. ≤ 30
	30 < Freq. ≤ 40
	40 < Freq. ≤ 50
	50 < Freq. ≤ 60
	60 < Freq. ≤ 70
	70 < Freq. ≤ 80
	80 < Freq. ≤ 90
	90 < Freq. ≤ 100

Index	Hub	Freq	Num Of Links	Community
1	A:A:F7	74.55	4	0
2	A:A:V9	50	4	1
3	A:A:K13	67.61	4	0
4	A:A:Y36	83.12	5	0
5	A:A:P42	82.67	4	0
6	A:A:H53	50	4	0
7	A:A:V61	97.36	4	0
8	A:A:E76	38.9	4	3
9	A:A:H86	49.8	4	1
10	A:A:K91	96.44	5	0

Index: hub id, click on each number to highlight the corresponding hub in the 3D visualization.

Hub: the hub being considered.

Freq: the trajectory frequency of the corresponding hub.

Num Of Links: the number of links of the corresponding hub.

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value: this column reports the value present in the user submitted external values file (if any).

Color	Relative Recurrence (%)
	0 < rr ≤ 10
	10 < rr ≤ 20
	20 < rr ≤ 30
	30 < rr ≤ 40
	40 < rr ≤ 50
	50 < rr ≤ 60
	60 < rr ≤ 70
	70 < rr ≤ 80
	80 < rr ≤ 90
	90 < rr ≤ 100

Index	Node1	Node2	Recurrency	Freq	Hub1?	Hub2?	Community
1	A:A:F7	A:A:K91	88.2948	78.42	Yes	Yes	0
2	A:A:E8	A:A:F7	88.6802	67.53	No	Yes	0
3	A:A:F7	A:A:L89	74.422	99.98	Yes	No	0
4	A:A:E8	A:A:V9	22.736	99.86	No	Yes	1
5	A:A:E8	A:A:H86	63.3911	87.6	No	Yes	1
6	A:A:E10	A:A:V9	21.3391	11.1	No	Yes	0
7	A:A:K13	A:A:Q83	53.6127	40.01	Yes	No	0
8	A:A:Q83	A:A:V84	57.1773	92.1	No	No	0
9	A:A:V84	A:A:V85	60.5491	100	No	No	0
10	A:A:H86	A:A:V85	63.8247	77.98	Yes	No	0
11	A:A:K13	A:A:T81	36.4162	98.37	Yes	No	0
12	A:A:T23	A:A:V22	39.9326	100	No	No	0
13	A:A:T23	A:A:Y36	46.869	27.05	No	Yes	0
14	A:A:I35	A:A:Y36	87.7649	100	No	Yes	0
15	A:A:I35	A:A:V58	91.0405	89.13	No	No	0
16	A:A:R57	A:A:V58	92.8709	100	No	No	2
17	A:A:E90	A:A:R57	97.1098	59.56	No	No	0
18	A:A:E90	A:A:K91	100	99.99	No	Yes	0
19	A:A:H71	A:A:V22	23.2659	56.64	No	No	0
20	A:A:R31	A:A:Y36	35.4528	53.53	No	Yes	0
21	A:A:R31	A:A:V30	27.9865	99.97	No	No	0
22	A:A:S29	A:A:V30	20.183	100	No	No	0
23	A:A:E47	A:A:P42	24.2293	89.55	No	Yes	0
24	A:A:E47	A:A:S48	35.8863	97.18	No	No	0
25	A:A:D49	A:A:S48	45.183	86.98	No	No	0
26	A:A:D49	A:A:R51	53.9981	100	No	No	0
27	A:A:I52	A:A:R51	59.4412	100	No	No	0
28	A:A:H53	A:A:I52	31.1657	67.55	Yes	No	0
29	A:A:D56	A:A:H53	32.8516	74.84	No	Yes	0
30	A:A:D56	A:A:K91	34.9229	94.54	No	Yes	0
31	A:A:I52	A:A:L89	50.4817	57.65	No	No	0
32	A:A:L88	A:A:L89	37.9576	99.96	No	No	0
33	A:A:A60	A:A:L88	34.0559	0.04	No	No	0
34	A:A:A60	A:A:V61	31.6474	0.09	No	Yes	0
35	A:A:V61	A:A:V64	20.8092	99.71	Yes	No	0
36	A:A:N80	A:A:T81	29.9133	100	No	No	0

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Color	Relative Recurrence (%)
	0 < rr ≤ 10
	10 < rr ≤ 20
	20 < rr ≤ 30
	30 < rr ≤ 40
	40 < rr ≤ 50
	50 < rr ≤ 60
	60 < rr ≤ 70
	70 < rr ≤ 80
	80 < rr ≤ 90
	9 < rr ≤ 10

Here, those paths that begin and end at given residue pair(s) or that pass through a residue are used to generate a novel metapath. Such a path filtering is particularly recommended if some information on allosteric residues is available. The selection syntax for a residue pair ("Pairs") is C:C:c534,A:A:?600 (the lower-case "c" stands for cytosine and "?" indicates any non standard amino acid or nucleotide residue). Selection of more than one apical residue pair has the following syntax: C:C:c534,A:A:?600,C:C:c534,A:A:E41. Only one residue can be selected as a tail ("Tail"). For midway residue(s), each residue must be separated by a comma as well e.g. A:A:?600,A:A:E41.

Index	Node1	Node2	Recurrency	Freq	Hub1?	Hub2?	Community
1	A:A:F7	A:A:K91	41.3793	78.42	Yes	Yes	0
2	A:A:F7	A:A:L89	78.1609	99.98	Yes	No	0
3	A:A:L88	A:A:L89	100	99.96	No	No	0
4	A:A:E8	A:A:F7	31.0345	67.53	No	Yes	0
5	A:A:E8	A:A:H86	21.8391	87.6	No	Yes	1
6	A:A:I35	A:A:Y36	26.4368	100	No	Yes	0
7	A:A:I35	A:A:V58	28.7356	89.13	No	No	0
8	A:A:R57	A:A:V58	29.8851	100	No	No	2
9	A:A:E90	A:A:R57	32.1839	59.56	No	No	0
10	A:A:E90	A:A:K91	33.3333	99.99	No	Yes	0
11	A:A:I52	A:A:L89	21.8391	57.65	No	No	0

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Download PSN data

Trj Stats Plots:

Stat 1	Stat 2	Documentation

2D representation of the global metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

2D representation of the user filetered metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

Net Summary
I_min	4.56612
Number of Linked Nodes	94
Number of Links	100
Number of Hubs	10
Number of Links mediated by Hubs	40
Number of Communities	3
Number of Nodes involved in Communities	10
Number of Links involved in Communities	11

Path Summary
Number Of Nodes in MetaPath	37
Number Of Links MetaPath	36
Number of Shortest Paths	4490
Length Of Smallest Path	3
Average Path Length	11.4973
Length of Longest Path	24
Minimum Path Force	3.115
Average Path Force	6.54774
Maximum Path Force	10.685
Minimum Path Correlation	0.805
Average Path Correlation	0.889069
Maximum Path Correlation	0.943
Minimum % Of Corr. Nodes	5
Average % Of Corr. Nodes	23.5995
Maximum % Of Corr. Nodes	100
Minimum Path Hubs %	0
Average Path Hubs %	25.2387
Maximum Path Hubs %	75

Filtered Path Summary
Number Of Nodes in MetaPath	37
Number Of Links MetaPath	36
Number of Shortest Paths	93
Length Of Smallest Path	3
Average Path Length	8.39785
Length of Longest Path	15
Minimum Path Force	3.225
Average Path Force	7.06978
Maximum Path Force	9.94
Minimum Path Correlation	0.805
Average Path Correlation	0.870505
Maximum Path Correlation	0.943
Minimum % Of Corr. Nodes	9.09091
Average % Of Corr. Nodes	33.8125
Maximum % Of Corr. Nodes	100
Minimum Path Hubs %	0
Average Path Hubs %	23.9692
Maximum Path Hubs %	50

Details about the values in these tables can be found in the corresponding documentation page .

You can download a compressed (zip) file with all submitted structures, 3D outputs (as PyMol and VMD scripts) and numerical data files (as csv and plain text files). The zip bundle also contains an output manual explaining the meaning of all files and numerical data.

Download webpsn_output_jobzx4j26zc.zip